ՀՀ քննչական կոմիտեի կարգապահական հանձնաժողովը ձևավորվել է «ՀՀ քննչական կոմիտեի մասին» ՀՀ օրենքով սահմանված կարգով և հանդես է գալիս որպես անկախ մարմին։
Կարգապահական հանձնաժողովն ունի 8 անդամ, որոնցից 4-ը ՀՀ քննչական կոմիտեի ծառայողներ են, իսկ 4-ը՝ այլ գերատեսչությունից (ՀՀ Նախագահի և ՀՀ վարչապետի կողմից նշանակված համապատասխանաբար երկուական ներկայացուցչից):
ՀՀ ՔԿ կարգապահական հանձնաժողովն իր ոլորտում եզակի է այն առումով, որ կրում է մինչգերատեսչկան բնույթ և ունի ինքնուրույնության բավականին բարձր մակարդակ։
Այն կոչված է ապահովելու Կոմիտեի ծառայողի անկախությունը և իրավունքների պաշտպանությունը, կանխելու անհիմն կարգապահական պատասխանատվության ենթարկելու հնարավորությունը, նպաստելու ծառայողական կարգապահության ամրապնդմանը, կարգապահական խախտումների կանխարգելմանը և այդպիսիք ծնող պատճառների վերացմանը։
Հանձնաժողովը քննարկում է կարգապահական վարույթ հարուցելու մասին միջնորդությունները, տալիս եզրակացություններ, ընդունում ընթացակարգային և ըստ էության որոշումներ, եւ իրավասու է մերժելու կարգապահական վարույթ հարուցելու վերաբերյալ միջնորդությունները կամ վարույթ հարուցելու դեպքում արդարացնել Կոմիտեի ծառայողներին, ինչպես նաև՝ կարգապահական վարույթ հարուցել սեփական նախաձեռնությամբ։
2014-2017թթ. ՀՀ քննչական կոմիտեի կարգապահական հանձնաժողովին կարգապահական վարույթ հարուցելու վերաբերյալ ներկայացվել է 124 միջնորդություն, որից 108-ը ՀՀ ՔԿ նախագահի կողմից, 16-ը՝ հանձնաժողովի անդամների: Նշված 124 միջնորդություններից 120-ը բավարարվել է և հարուցվել կարգապահական վարույթ, որի արդյունքում հաստատվել է 91 ՔԿ ծառայողի արարքում իրավախախտման փաստի առկայությունը, իսկ 31 ծառայող արդարացվել է։
Կարգապահական վարույթ հարուցելու հիմք են հանդիսանում ՀՀ քննչական կոմիտեի ներքին անվտանգության վարչությունում կատարված նախնական ուսումնասիրությունների արդյունքները։ Ուսումնասիրությունները ցույց են տվել, որ ՔԿ ծառայողի կողմից ենթադրյալ կարգապահական խախտումների վերաբերյալ քննչական կոմիտեում միջնորդություններ են ստացվել քաղաքացիներից, Քննչական կոմիտեի տարածքային ստորաբաժանումների ղեկավարներից, դատախազներից։ Ընդ որում՝ ամենաշատը միջնորդությունները ներկայացվել են դատախազների կողմից, որոնք մեծամասամբ չեն հիմնավորվել։ 2014-2017թթ. ընթացքում ՀՀ դատախազության տարբեր ստորաբաժանումներից ստացվել է ընդհանուր 236 միջնորդություն, այդ թվում՝ 97-ը կամ 41,1 տոկոսը՝ 2017 թվականի ընթացքում։ 2017 թվականին ներկայացված 97 միջնորդություններից հիմնավորված է համարվել միայն 9-ը, այսինքն՝ 3,8 տոկոսը։
Կարգապահական հանձնաժողովը նպաստում է քննիչների պատասխանատվության բարձրացմանը, կոռուպցիոն երևույթների կանխմանը, ինչպես նաև՝ հանրային ծառայողին վայել վարքագիծ դրսևորելուն, իր որոշումներով կանոնակարգում քննիչների կողմից կարգապահական վարքագծի որոշ կանոններ։
ՀՀ ՔԿ կարգապահական հանձնաժողովի գործունեությունը հրապարակային է և թափանցիկ: 2014-2017թթ. ընթացքում տպագրվել է Կարգապահական հանձնաժողովի որոշումների երկու ժողովածու, որի էլեկտրոնային տարբերակը տեղադրված է նաև ՀՀ քննչական կոմիտեի կայքէջում։